Sejarah singkat MAN Mojokerto bermula dari suatu lembaga Pendidikan Guru Agama Islam (PGA) yang bertujuan untuk memenuhi kebutuhan guru pendidikan agama Islam di sekolah-sekolah rendah negeri. Hal ini berdasarkan surat keputusan bersama menteri Pendidikan dan Kebudayaan dengan menteri Agama pada tanggal 2 Desember 1946 no.1142/BH.Atentang penyediaan guru agama secara kilat dan cepat, sehingga ditetapkan rencana pendidikan guru agama Islam jangka pendek dan jangka panjang. Untuk mewujudkan rencana tersebut, maka pada tanggal 16 Mei 1948 mulai didirikan Sekolah Guru Hakim Islam (SGHI) dan Sekolah Guru Agama Islam (SGAI). Selanjutnya berdasarkan ketetapan menteri agama tertanggal 15 Agustus 1951 no. 7 SGAI diubah menjadi Pendidikan Guru Agama (PGA 5 tahun) yang siswanya berasal dari lulusan sekolah rendah atau madrasah rendah.

Berdasarkan Surat ketetapan menteri agama tanggal 21 Nopember 1953 no. 35, lama belajar di PGA ditambah 1 tahun, sehingga menjadi 6 tahun, dan diubah menjadi dua bagian, yaitu, Pertama: Pendidikan Guru Agama Pertama (PGAP), lama belajarnya 4 tahun ( kelas 1 s/d kelas 4) dan Kedua: Pendidikan Guru Agama Atas (PGAA), lama belajarnya 2 tahun (kelas 5 dan kelas 6). Selanjutnya, pada tahun ajaran 1958/1959 PGAP dan PGAA dilebur menjadi PGAN 6 TAHUN Mojokerto.

Perkembangan berikutnya, dengan adanya surat keputusan Menteri Agama tanggal 16 Maret 1978 no. 16, PGAN 6 tahun di pecah lagi menjadi dua lembaga pendidikan yaitu,Pertama: Kelas 1 s/d 3 menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) Mojokerto, dan Kedua: Kelas 4 s/d 6 menjadi Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN) Mojokerto. Selanjutnya berdasarkan Keputusan Menteri Agama no. 42 tanggal 27 Januari 1992 PGAN Mojokerto beralih fungsi menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Mojokerto dan pada tahun 2017 berubah menjadi MAN 2 Mojokerto. PGAN Mojokerto telah mencapai kejayaan, hal ini berkaitan dengan keberhasilan outputnya yang dominan di tengah-tengah mansyarakat.

Rata-rata alumni PGAN Mojokerto menjadi orang yang berpengaruh di masyarakat. Selain itu juga banyak yang menjadi penjabat penting di Lingkungan Departemen Agama maupun Departemen lain. Harapan ke depan setelah PGAN Mojokerto beralih fungsi ke MAN 2 Mojokerto dari semua komponen yang ada barang tentu ingin mempertahankan citra lembaga pendidikan favorit yang berada di jalan RA Basuni 306 Sooko Mojokerto ini.